Основні притоки: Міннесота, Айова, Де-Мойн, Міссурі, Уайт-Рівер, Арканзас, Ред-Рівер (праві), Блек-Рівер, Вісконсін, Рок, Іллінойс, Каскаскія, Огайо, Хатч, Язу, Біг-Блек-Рівер (ліві) . За морфологічною будовою долини і гідрологічного режиму Міссісіпі розділяється на Верхню Міссісіпі і Нижню Міссісіпі.